In diesem Spiel geht es um die Geschichte von Roxas während er Organisation XIII arbeitet. Man spielt dies von dem Moment an in dem Sora zu einem Herzlosen wurde. Vom Eintritt in die Organisation,über die Freundschaft mit Axel und Xion bis hin zur Wiederherstellung Sora's selbst. Hinzu kommt auch nich das man einen besseren Einblick in die Organisation hat,ihre Bewegründe unter anderem,und die das 14 Mitglied was vorher noch nicht bekannt war wird hier zum ersten mal gezeigt. Wie es scheint kommen auch Riku,Mickey,Ansem und Naminé drin vor. Es wird gezeigt was mit den 3 Protagonisten passiert und was aus ihnen geworden ist.
