„Yu-Gi-Oh! Der Film“ geht zurück in das antike Ägypten. Nach dem Ende des Battle-City-Turniers erwacht tief unter der Sandwüste Ägyptens eine alte Macht. Anubis, vor Jahrhunderten von Yugis mysteriösem zweitem Ich – dem alten Pharao – besiegt, kommt zurück, um Rache zu nehmen. Anubis beschließt Yugi zu vernichten, und die Herrschaft der Welt an sich zu reißen. Mit jedem Lebenspunkt, den Yugi im Duell gegen ihn verliert, wird Anubis' Macht gestärkt. Jetzt ist Yugis ganzes Können als Meister des „Duel Monsters“ gefordert – schließlich hängt das Schicksal der Welt davon ab.
