2 Jahre sind nun vergangen, seitdem Sephiroth, Jenova und ShinRa geschlagen wurden. Trotz des Friedens gibt es nun ein ganz anderes Problem: viele überlebende sind vom Star Scar-Syndrom betroffen (Geostigma), vor allem die Kinder. Bei der Krankheit reagiert der Körper auf die Einflüsse des Lebensstroms und der Jenova-Zellen. Cloud, Hauptfigur und Held aus Final Fantasy 7, lebt allein und zurückgezogen mit Schuldgefühlen was die Rettung der Welt und den Tod von Aeris angeht. Zu seinen ehemaligen Freunden hat er den Kontakt auch teilweise verloren. All die trügerische Idylle nimmt ihr Ende als das Trio um die 3 Brüder Kdaj, Loz und Yazoo auftaucht, die nach ihrer "Mutter" suchen und entschlossen sind, das Geostigma mit Hilfe ihrer Mutter zu besiegen. Als dann auch noch alle Kinder durch das Trio entführt werden, beginnt Cloud endlich zu handeln, mit Hilfe alter Bekannter wie Tifa, Cid, Yuffie, Barret oder Vincent.
