Mitten im Pazifik befindet sich die wunderschöne Insel Komi-jima. Einer Legende nach gibt es dort seit Urzeiten einen Palast auf dem Meeresgrund, von dem heute nur noch die Ruinen existieren sollen. Eine weitere Legende erzählt von den zwei Piratinnen Anne Bonny und Mary Read, die vor 300 Jahren einen Schatz in diesem Meeresgrundpalast versteckt haben.
Conan und die anderen sind gerade auf Komi-jima um Ferien zu machen. Dabei treffen sie auf einige Schätzsucher, die am Schatz aus der Legende interessiert sind. Doch es befindet sich eine zwielichtige Gestalt unter ihnen. Später wird einer der Schatzjäger auf der Suche nach dem Palast auf mysteriöse Weise durch einen Haiangriff getötet. Conan und Haibara sehen sich nun mit einem Kriminalfall konfrontiert, den es zu lösen gilt. Was steckt hinter der ganzen Sache und dem Tod des Schatzsuchers? Und wo ist der Palast aus der Legende?
